三九醫藥股份有限公司(以下簡稱“本公司”)是一家在中華人民共和國注冊的股份有限公司，于1999年3月2日經
原經濟貿易管理委員會國經貿企改[1999]134號文件批準，由深圳三九藥業有限公司(以下簡稱“三九藥業”)、三九企業集團(深圳南方制藥廠)(以下簡稱“三九集團”)、深圳九先生物工程有限公司(以下簡稱“九先生物 ”)、深圳市先達明物業管理有限公司(以下簡稱“先達明物業”)和惠州市壬星工貿有限公司共同發起設立，并于1999年4月21日經工商行政管理總局核準登記

于2008年5月22日，經廣東省深圳市工商行政管理局核準登記，本公司換領注冊號為440301103302647的企業法人營業執照。本公司所發行人民幣普通股A 股股票，已在深圳證券交易所上市。

本公司注冊成立時原注冊資本為人民幣55,300萬元，股本總數55,300萬股。

本公司經證券監督管理委員會以證監發行字[1999]142號文批準，于1999年11三九醫藥股份有限公司月面向社會公眾發行人民幣普通股20,000萬股。

于2000年3月9日在深圳證券交易所正式上市交易，注冊資本增加為75,300萬元，股本總數75,300萬股，其有發起人持有55,200萬股，境內法人持有100萬股，社會公眾持有20,000萬股。本公司股票面值為每股人民幣1元。

根據本公司2003年度第二次股東大會決議，本公司以2002年12月31日股本75,300萬股為基數，按每10股由資本公積轉增3股，共計轉增22,590萬股(每股面值1元)，并于20 03年度實施。轉增后，本公司注冊資本增至人民幣97,890萬元，但增資的工商變更手續尚未辦理完畢。

截至2008年12月31日，本公司累計發行股本總數97,890萬股。

于2008 年4 月16 日，根據國資委國資產權[2008]384 號文《關于三九醫藥股份有限公司國有股東股權變更有關問題的批復》，三九集團所持有的本公司84,462,5 20 股國有法人股股份及三九藥業所持有的本公司613,937,480 股國有法人股股份的持股主體統一變更為新三九控股有限公司(以下簡稱“新三九控股”)。

于2008 年6 月16 日，商務部以商資批[2008]602 號文《商務部關于同意三九醫藥股份有限公司股權轉讓的批復》同意了上述股權變更。

截至2008 年12 月31 日，除三九集團所持有的42,019, 587 股股份尚未完成變更審批及過戶程序外，其余涉及轉讓股份已全部在證券登記結算有限責任公司深圳分公司辦理過戶登記確認書并過戶至新三九控股。公司于2007年11月底正式進入集團。

2010年2月，經工商行政管理總局審核，并經深圳市市場監督管理局核準，公司名稱由“三九醫藥股份有限公司”正式變更為"三九醫藥股份有限公司"。