魂斗羅的故事發(fā)生在未來世界中。2631年，恐怖組織紅色獵鷹，在新西蘭附近的加魯加群島建立秘密基地，魂斗羅部隊的比爾和蘭斯?jié)撊氩榭矗馔獾匕l(fā)現(xiàn)了外星異形生物（出自《魂斗羅》）。[8]  從此之后，魂斗羅與外星異形以及紅色獵鷹的戰(zhàn)斗開始打響。魂斗羅部隊先后平息了異形控制GX軍事基地事件（出自《超級魂斗羅》）、粉碎了某超級大國的異形克隆計劃（出自《魂斗羅Operation C》）。2636年，異形戰(zhàn)爭爆發(fā)。異形全面入侵地球，魂斗羅部隊比爾和蘭斯擊敗了異形橋梁“頭腦生命體”之后戰(zhàn)爭結(jié)束，同時魂斗羅部隊指揮官巴哈姆上校戰(zhàn)功顯赫成為英雄（出自《魂斗羅精神》）。
　　兩年后的2638年，巴哈姆特上校委派比爾和魂斗羅部隊新兵寒鋒重回加魯加群島基地執(zhí)行任務(wù)。讓人意外是，紅色獵鷹的基地被人再次開啟了。比爾與寒鋒分別從島嶼南北兩面登陸，在火山口的基地入口處匯合。擊敗了復(fù)活的“陰獸魔神像”后，進(jìn)入敵人要地。
　　在位于基地底層的生化實(shí)驗室，比爾和寒鋒遇到了許多不分?jǐn)澄宜奶幑舻膯适勘约氨粏适瑖〉穆吕┦俊２┦空埱蠡甓妨_部隊救出他的女兒露西亞……
　　強(qiáng)化系統(tǒng)
　　強(qiáng)化，英雄的技能傷害可以實(shí)現(xiàn)提升(所有英雄功用技能等級)，需要注意的是，技能強(qiáng)化等級會受到角色等級的限制，無法超越角色等級太多。當(dāng)指揮官收集到足量的角色碎片后，即可使角色覺醒，再次強(qiáng)化角色屬性，同時解鎖覺醒技能。除此之外，英雄在裝備指定的工具之后，還能夠獲得被動技能，使主動技能擁有更加出色的傷害能力或者附帶擊飛等特殊效果。指揮官也可以在角色界面了解到英雄的定位和生存、控制、移動等六項屬性，初始屬性的強(qiáng)弱從某角度而言取決于英雄的品階。
　　軍團(tuán)系統(tǒng)
　　軍團(tuán)是《魂斗羅：歸來》游戲中玩家集體經(jīng)營的組織，需要同時有多位活躍玩家進(jìn)行維持和升級的同時，也將為玩家?guī)韇uff和福利。軍團(tuán)資金主要是玩家的捐獻(xiàn)和游戲中的活躍程度來獲得的，只有志同道合，活躍而且協(xié)調(diào)一致的玩家才能很大限度的獲得軍團(tuán)帶來的優(yōu)勢。軍團(tuán)想要升級和開啟福利，軍團(tuán)資金是必不可少的要素。軍團(tuán)捐獻(xiàn)就是軍團(tuán)資金主要的來源，軍團(tuán)捐獻(xiàn)分為三檔，初級捐獻(xiàn)只需要金幣，對于不是急需軍團(tuán)貢獻(xiàn)的玩家來說是普遍的選擇。獲得的軍團(tuán)資金可以用來提升軍團(tuán)建筑等級，也可以用來發(fā)福利開boss。